Interaction between environmental and socioeconomic determinants for cutaneous leishmaniasis risk in Latin America.

OBJECTIVE: Determine and characterize potential risk areas for the occurrence of cutaneous leishmaniasis (CL) in Latin America (LA). METHOD: Ecological observational study with observation units defined by municipalities with CL transmission between 2014-2018. Environmental and socioeconomic variables available for at least 85% of the municipalities were used, combined in a single database, utilizing the R software. The principal component analysis methodology was combined with a hierarchical cluster analysis to group clusters of municipalities based on their similarity. The V-test was estimated to define the positive or negative association of the variables with the clusters and separation by natural breaks was used to determine which ones contributed the most to each cluster. Information on cases was also incorporated in the analyses to attribute CL risk for each cluster. RESULTS: This study included 4,951 municipalities with CL transmission (36.5% of the total in LA) and seven clusters were defined by their association with 18 environmental and socioeconomic variables. The historical risk of CL is positively associated with the Amazonian, Andean and Savannah clusters in a decreasingly manner; and negatively associated with the Forest evergreen, Forest/crop and Forest/populated clusters. The Agricultural cluster did not reveal any association with the CL cases. CONCLUSIONS: The study made it possible to identify and characterize the CL risk by clusters of municipalities and to recognize the epidemiological distribution pattern of transmission, which provides managers with better information for intersectoral interventions to control CL.

Interaction between environmental and socioeconomic determinants for cutaneous leishmaniasis risk in Latin America

[ABSTRACT]. Objective. Determine and characterize potential risk areas for the occurrence of cutaneous leishmaniasis (CL) in Latin America (LA).Method. Ecological observational study with observation units defined by municipalities with CL transmission between 2014-2018. Environmental and socioeconomic variables available for at least 85% of the municipal-ities were used, combined in a single database, utilizing the R software. The principal component analysis methodology was combined with a hierarchical cluster analysis to group clusters of municipalities based on their similarity. The V-test was estimated to define the positive or negative association of the variables with the clusters and separation by natural breaks was used to determine which ones contributed the most to each cluster. Information on cases was also incorporated in the analyses to attribute CL risk for each cluster.Results. This study included 4,951 municipalities with CL transmission (36.5% of the total in LA) and seven clusters were defined by their association with 18 environmental and socioeconomic variables. The histori-cal risk of CL is positively associated with the Amazonian, Andean and Savannah clusters in a decreasingly manner; and negatively associated with the Forest evergreen, Forest/crop and Forest/populated clusters. The Agricultural cluster did not reveal any association with the CL cases.Conclusions. The study made it possible to identify and characterize the CL risk by clusters of municipalities and to recognize the epidemiological distribution pattern of transmission, which provides managers with better information for intersectoral interventions to control CL.

[RESUMEN]. Objetivo. Determinar y caracterizar áreas de riesgo potencial de la ocurrencia de leishmaniasis cutánea (LC) en América Latina (AL).Método. Estudio observacional ecológico con unidades de observación definidas por municipios con transmisión de LC entre 2014-2018. Se utilizaron variables medioambientales y socioeconómicas disponibles para al menos 85% de los municipios, combinados en una sola base de datos, a través del software R. Se combinó la metodología de análisis de componentes principales con un análisis de conglomerados jerárquicos para la formación de conglomerados de municipios en función de su similitud. Se estimó el V-test para definir la asociación positiva o negativa de las variables con los conglomerados y separación por divisiones naturales para determinar cuáles contribuyeron más a cada conglomerado. Se incorporaron los casos para atribuir el riesgo de LC para cada conglomerado.Resultados. Se incluyeron en el estudio 4 951 municipios con transmisión de LC (36,5% del total en AL) y se definieron siete conglomerados por su asociación con 18 variables medioambientales y socioeconómicas. El riesgo histórico de LC se asocia de manera positiva y en forma decreciente con los conglomerados Amazónico, Andino y Sabana; y de manera negativa con los conglomerados Boscoso/perenne, Boscoso/cultivo y Boscoso/poblado. El conglomerado Agrícola no reveló ninguna asociación con los casos de LC.Conclusiones. El estudio permitió identificar y caracterizar el riesgo de LC por conglomerados de municipios y conocer el patrón propio epidemiológico de distribución de la transmisión, lo que proporciona a los gestores una mejor información para las intervenciones intersectoriales para el control de la LC.

[RESUMO]. Objetivo. Determinar e caracterizar as áreas de risco de ocorrência de leishmaniose cutânea na América Latina.Método. Estudo observacional ecológico com unidades de observação definidas por municípios com transmissão de leishmaniose cutânea entre 2014 e 2018. Foram usadas as variáveis ambientais e socioeconômicas disponíveis em 85% ou mais dos municípios, reunidas em uma única base de dados com o uso do software R. A metodologia de análise de componentes principais foi combinada a uma análise de conglomerados com agrupamento hierárquico para formar conglomerados de municípios por semelhança. O teste V foi usado para estabelecer a associação (positiva ou negativa) das variáveis com os conglomerados e uma separação por divisões naturais foi usada para determinar as variáveis que mais contribuíram em cada conglomerado. Os casos foram incluídos para avaliar o risco de leishmaniose cutânea em cada conglomerado.Resultados. A amostra do estudo compreendeu 4.951 municípios com transmissão de leishmaniose cutânea (36,5% do total na América Latina). Foram definidos sete conglomerados por apresentarem associação com 18 variáveis ambientais e socioeconômicas. Foi observada associação positiva e decrescente do risco histórico de leishmaniose cutânea com os conglomerados Amazônico, Andino e Savana e negativa com os conglomerados Mata/perene, Mata/cultivo e Mata/povoado. O conglomerado Agrícola não demonstrou asso-ciação com casos de leishmaniose cutânea.Conclusões. Este estudo permitiu identificar e caracterizar o risco de leishmaniose cutânea por conglomerados de municípios e conhecer o padrão epidemiológico de distribuição da transmissão da doença, oferecendo às autoridades dados melhores para subsidiar as intervenções intersetoriais para o controle da leishmaniose cutânea.

[Interaction among environmental and socioeconomic determinants of risk for cutaneous leishmaniasis in Latin AmericaInteração entre os determinantes ambientais e socioeconômicos para o risco de leishmaniose cutânea na América Latina]. / Interacción entre los determinantes medioambientales y socioeconómicos para el riesgo para leishmaniasis cutánea en América Latina.

OBJECTIVE: Determine and characterize areas at potential risk for the occurrence of cutaneous leishmaniasis (CL) in Latin America. METHOD: Ecological observational study with observation units defined by municipalities with CL transmission during 2014-2018. Environmental and socioeconomic variables available for at least 85% of municipalities were combined in a single database, using R software. Principal component analysis was combined with hierarchical cluster analysis for the formation of clusters of municipalities according to their similarity. The V-test was used to define positive or negative association of variables with clusters and separation by natural divisions to determine which contributed more to each cluster. Cases were included to attribute CL risk for each cluster. RESULTS: The study included 4 951 municipalities with CL transmission (36.5% of municipalities in Latin America); seven clusters were defined by their association with 18 environmental and socioeconomic variables. Historical risk of CL is associated positively and in descending order with the Amazonian, Andean, and Savanna clusters; and negatively with the Forest/perennial, Forest/cultivated, and Forest/populated clusters. The Agricultural cluster showed no association with CL cases. CONCLUSIONS: The study made it possible to identify and characterize CL risk by clusters of municipalities and to understand the characteristic epidemiological distribution patterns of transmission, providing program managers with better information for intersectoral interventions to control CL.

OBJETIVO: Determinar e caracterizar as áreas de risco de ocorrência de leishmaniose cutânea na América Latina. MÉTODO: Estudo observacional ecológico com unidades de observação definidas por municípios com transmissão de leishmaniose cutânea entre 2014 e 2018. Foram usadas as variáveis ambientais e socioeconômicas disponíveis em 85% ou mais dos municípios, reunidas em uma única base de dados com o uso do software R. A metodologia de análise de componentes principais foi combinada a uma análise de conglomerados com agrupamento hierárquico para formar conglomerados de municípios por semelhança. O teste V foi usado para estabelecer a associação (positiva ou negativa) das variáveis com os conglomerados e uma separação por divisões naturais foi usada para determinar as variáveis que mais contribuíram em cada conglomerado. Os casos foram incluídos para avaliar o risco de leishmaniose cutânea em cada conglomerado. RESULTADOS: A amostra do estudo compreendeu 4.951 municípios com transmissão de leishmaniose cutânea (36,5% do total na América Latina). Foram definidos sete conglomerados por apresentarem associação com 18 variáveis ambientais e socioeconômicas. Foi observada associação positiva e decrescente do risco histórico de leishmaniose cutânea com os conglomerados Amazônico, Andino e Savana e negativa com os conglomerados Mata/perene, Mata/cultivo e Mata/povoado. O conglomerado Agrícola não demonstrou associação com casos de leishmaniose cutânea. CONCLUSÕES: Este estudo permitiu identificar e caracterizar o risco de leishmaniose cutânea por conglomerados de municípios e conhecer o padrão epidemiológico de distribuição da transmissão da doença, oferecendo às autoridades dados melhores para subsidiar as intervenções intersetoriais para o controle da leishmaniose cutânea.

Interacción entre los determinantes medioambientales y socioeconómicos para el riesgo de leishmaniasis cutánea en América Latina

[RESUMEN]. Objetivo. Determinar y caracterizar áreas de riesgo potencial de la ocurrencia de leishmaniasis cutánea (LC) en América Latina (AL). Método. Estudio observacional ecológico con unidades de observación definidas por municipios con transmisión de LC entre 2014-2018. Se utilizaron variables medioambientales y socioeconómicas disponibles para al menos 85% de los municipios, combinados en una sola base de datos, a través del software R. Se combinó la metodología de análisis de componentes principales con un análisis de conglomerados jerárquicos para la formación de conglomerados de municipios en función de su similitud. Se estimó el V-test para definir la asociación positiva o negativa de las variables con los conglomerados y separación por divisiones naturales para determinar cuáles contribuyeron más a cada conglomerado. Se incorporaron los casos para atribuir el riesgo de LC para cada conglomerado. Resultados. Se incluyeron en el estudio 4 951 municipios con transmisión de LC (36,5% del total en AL) y se definieron siete conglomerados por su asociación con 18 variables medioambientales y socioeconómicas. El riesgo histórico de LC se asocia de manera positiva y en forma decreciente con los conglomerados Amazónico, Andino y Sabana; y de manera negativa con los conglomerados Boscoso/perenne, Boscoso/cultivo y Boscoso/poblado. El conglomerado Agrícola no reveló ninguna asociación con los casos de LC. Conclusiones. El estudio permitió identificar y caracterizar el riesgo de LC por conglomerados de municipios y conocer el patrón propio epidemiológico de distribución de la transmisión, lo que proporciona a los gestores una mejor información para las intervenciones intersectoriales para el control de la LC.

[ABSTRACT]. Objective. Determine and characterize areas at potential risk for the occurrence of cutaneous leishmaniasis (CL) in Latin America. Method. Ecological observational study with observation units defined by municipalities with CL transmission during 2014-2018. Environmental and socioeconomic variables available for at least 85% of municipalities were combined in a single database, using R software. Principal component analysis was combined with hierarchical cluster analysis for the formation of clusters of municipalities according to their similarity. The V-test was used to define positive or negative association of variables with clusters and separation by natural divisions to determine which contributed more to each cluster. Cases were included to attribute CL risk for each cluster. Results. The study included 4 951 municipalities with CL transmission (36.5% of municipalities in Latin America); seven clusters were defined by their association with 18 environmental and socioeconomic variables. Historical risk of CL is associated positively and in descending order with the Amazonian, Andean, and Savanna clusters; and negatively with the Forest/perennial, Forest/cultivated, and Forest/populated clusters. The Agricultural cluster showed no association with CL cases. Conclusions. The study made it possible to identify and characterize CL risk by clusters of municipalities and to understand the characteristic epidemiological distribution patterns of transmission, providing program managers with better information for intersectoral interventions to control CL.

[RESUMO]. Objetivo. Determinar e caracterizar as áreas de risco de ocorrência de leishmaniose cutânea na América Latina. Método. Estudo observacional ecológico com unidades de observação definidas por municípios com transmissão de leishmaniose cutânea entre 2014 e 2018. Foram usadas as variáveis ambientais e socioeconômicas disponíveis em 85% ou mais dos municípios, reunidas em uma única base de dados com o uso do software R. A metodologia de análise de componentes principais foi combinada a uma análise de conglomerados com agrupamento hierárquico para formar conglomerados de municípios por semelhança. O teste V foi usado para estabelecer a associação (positiva ou negativa) das variáveis com os conglomerados e uma separação por divisões naturais foi usada para determinar as variáveis que mais contribuíram em cada conglomerado. Os casos foram incluídos para avaliar o risco de leishmaniose cutânea em cada conglomerado. Resultados. A amostra do estudo compreendeu 4.951 municípios com transmissão de leishmaniose cutânea (36,5% do total na América Latina). Foram definidos sete conglomerados por apresentarem associação com 18 variáveis ambientais e socioeconômicas. Foi observada associação positiva e decrescente do risco histórico de leishmaniose cutânea com os conglomerados Amazônico, Andino e Savana e negativa com os conglomerados Mata/perene, Mata/cultivo e Mata/povoado. O conglomerado Agrícola não demonstrou associação com casos de leishmaniose cutânea. Conclusões. Este estudo permitiu identificar e caracterizar o risco de leishmaniose cutânea por conglomerados de municípios e conhecer o padrão epidemiológico de distribuição da transmissão da doença, oferecendo às autoridades dados melhores para subsidiar as intervenções intersetoriais para o controle da leishmaniose cutânea.

Interacción entre los determinantes medioambientales y socioeconómicos para el riesgo para leishmaniasis cutánea en América Latina / Interaction among environmental and socioeconomic determinants of risk for cutaneous leishmaniasis in Latin America / Interação entre os determinantes ambientais e socioeconômicos para o risco de leishmaniose cutânea na América Latina

RESUMEN Objetivo. Determinar y caracterizar áreas de riesgo potencial de la ocurrencia de leishmaniasis cutánea (LC) en América Latina (AL). Método. Estudio observacional ecológico con unidades de observación definidas por municipios con transmisión de LC entre 2014-2018. Se utilizaron variables medioambientales y socioeconómicas disponibles para al menos 85% de los municipios, combinados en una sola base de datos, a través del software R. Se combinó la metodología de análisis de componentes principales con un análisis de conglomerados jerárquicos para la formación de conglomerados de municipios en función de su similitud. Se estimó el V-test para definir la asociación positiva o negativa de las variables con los conglomerados y separación por divisiones naturales para determinar cuáles contribuyeron más a cada conglomerado. Se incorporaron los casos para atribuir el riesgo de LC para cada conglomerado. Resultados. Se incluyeron en el estudio 4 951 municipios con transmisión de LC (36,5% del total en AL) y se definieron siete conglomerados por su asociación con 18 variables medioambientales y socioeconómicas. El riesgo histórico de LC se asocia de manera positiva y en forma decreciente con los conglomerados Amazónico, Andino y Sabana; y de manera negativa con los conglomerados Boscoso/perenne, Boscoso/cultivo y Boscoso/poblado. El conglomerado Agrícola no reveló ninguna asociación con los casos de LC. Conclusiones. El estudio permitió identificar y caracterizar el riesgo de LC por conglomerados de municipios y conocer el patrón propio epidemiológico de distribución de la transmisión, lo que proporciona a los gestores una mejor información para las intervenciones intersectoriales para el control de la LC.

ABSTRACT Objective. Determine and characterize areas at potential risk for the occurrence of cutaneous leishmaniasis (CL) in Latin America. Method. Ecological observational study with observation units defined by municipalities with CL transmission during 2014-2018. Environmental and socioeconomic variables available for at least 85% of municipalities were combined in a single database, using R software. Principal component analysis was combined with hierarchical cluster analysis for the formation of clusters of municipalities according to their similarity. The V-test was used to define positive or negative association of variables with clusters and separation by natural divisions to determine which contributed more to each cluster. Cases were included to attribute CL risk for each cluster. Results. The study included 4 951 municipalities with CL transmission (36.5% of municipalities in Latin America); seven clusters were defined by their association with 18 environmental and socioeconomic variables. Historical risk of CL is associated positively and in descending order with the Amazonian, Andean, and Savanna clusters; and negatively with the Forest/perennial, Forest/cultivated, and Forest/populated clusters. The Agricultural cluster showed no association with CL cases. Conclusions. The study made it possible to identify and characterize CL risk by clusters of municipalities and to understand the characteristic epidemiological distribution patterns of transmission, providing program managers with better information for intersectoral interventions to control CL.

RESUMO Objetivo. Determinar e caracterizar as áreas de risco de ocorrência de leishmaniose cutânea na América Latina. Método. Estudo observacional ecológico com unidades de observação definidas por municípios com transmissão de leishmaniose cutânea entre 2014 e 2018. Foram usadas as variáveis ambientais e socioeconômicas disponíveis em 85% ou mais dos municípios, reunidas em uma única base de dados com o uso do software R. A metodologia de análise de componentes principais foi combinada a uma análise de conglomerados com agrupamento hierárquico para formar conglomerados de municípios por semelhança. O teste V foi usado para estabelecer a associação (positiva ou negativa) das variáveis com os conglomerados e uma separação por divisões naturais foi usada para determinar as variáveis que mais contribuíram em cada conglomerado. Os casos foram incluídos para avaliar o risco de leishmaniose cutânea em cada conglomerado. Resultados. A amostra do estudo compreendeu 4.951 municípios com transmissão de leishmaniose cutânea (36,5% do total na América Latina). Foram definidos sete conglomerados por apresentarem associação com 18 variáveis ambientais e socioeconômicas. Foi observada associação positiva e decrescente do risco histórico de leishmaniose cutânea com os conglomerados Amazônico, Andino e Savana e negativa com os conglomerados Mata/perene, Mata/cultivo e Mata/povoado. O conglomerado Agrícola não demonstrou associação com casos de leishmaniose cutânea. Conclusões. Este estudo permitiu identificar e caracterizar o risco de leishmaniose cutânea por conglomerados de municípios e conhecer o padrão epidemiológico de distribuição da transmissão da doença, oferecendo às autoridades dados melhores para subsidiar as intervenções intersetoriais para o controle da leishmaniose cutânea.

Diversity of Sarcocystis spp shed by opossums in Brazil inferred with phylogenetic analysis of DNA coding ITS1, cytochrome B, and surface antigens.

Although few species of Sarcocystis are known to use marsupials of the genus Didelphis as definitive host, an extensive diversity of alleles of surface antigen genes (sag2, sag3, and sag4) has been described in samples of didelphid opossums in Brazil. In this work, we studied 25 samples of Sarcocystis derived from gastrointestinal tract of opossums of the genus Didelphis by accessing the variability of sag2, sag3, sag4, gene encoding cytochrome b (cytB) and first internal transcribed spacer (ITS1). Reference samples of Sarcocystis neurona (SN138) and Sarcocystis falcatula (SF1) maintained in cell culture were also analyzed. We found four allele variants of cytB, seven allele variants of ITS1, 10 allele variants of sag2, 13 allele variants of sag3, and 6 allele variants of sag4. None of the sporocyst-derived sequences obtained from Brazilian opossums revealed 100% identity to SN138 at cytB gene, nor to SN138 or SF1 at ITS1 locus. In addition, none of the sag alleles were found identical to either SF1 or SN138 homologous sequences, and a high number of new sag allele types were found other than those previously described in Brazil. Out of ten sag2 alleles, four are novel, while eight out of 13 sag3 alleles are novel and one out of six sag4 alleles is novel. Further studies are needed to clarify if such a vast repertoire of allele variants of Sarcocystis is the consequence of re-assortments driven by sexual exchange, in order to form individuals with highly diverse characteristics, such as pathogenicity, host spectrum, among others or if it only represents allele variants of different species with different biological traits.